El món es troba en un estat d’aïllament. La causa es deu a les misterioses entitats del mar profund que la marina ha batejat com a "Flota del mar profund" i el seu control dels mars aïllant tots els països del món entre si. En negar-se a quedar-se de braços creuats i deixar que la Flota del Mar Profund tingui el seu camí, tots els països del món posen en comú els seus recursos per fabricar una nova arma per combatre-les ... una arma comparable en potència a la d'un cuirassat ... i el seu nom és: The Fleet Girls. N'hi haurà prou amb aquesta nova arma per combatre la flota del mar profund? Serà capaç que l’ensenya que s’acaba d’enviar a la base naval on es mantenen les “flotes de les nenes” pugui ajudar en la seva lluita ... Només el temps es dirà quan comenci a desenvolupar-se aquesta guerra contra la flota del mar profund.
