Mei no Naisho gira al voltant de la vida del personatge del títol Mei Haruna, un noi efeminat que va ser criat per la seva bruixa mare com a nena, i que sempre es va pensar en si mateix com a dona. La seva mare era l'única família que tenia, de manera que, després de morir, es trasllada a un institut per a noies i ve a residir al dormitori de l'escola amb el seu familiar familiar gat Abel i el seu company d'habitació Fuuka Honjou, que també és membre de el comitè de moral pública. Poc després d’arribar a l’escola, els seus nous amics descobreixen, després d’una exhibició màgica al bany de la comunitat de dormitoris, que en realitat és un home, tot i que això li suposa un xoc malgrat que sigui conscient de les diferències físiques entre ell i les noies normals. Tot i que es va assabentar d’ell i després d’haver intervingut de manera útil el pervertit president del consell estudiantil, el director de l’escola decideix que es pot quedar a l’escola. L’endemà, Mei arriba a l’escola amb Fuuka i es disculpa per haver amagat el fet que era una bruixa i informa als altres com és aparentment home. Els altres estudiants l’accepten ràpidament com un dels seus i se senten impressionats de com pot fer servir la màgia.
